染色质免疫共沉淀(ChIP)是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的一种实验方法,在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,通过免疫的方法沉淀蛋白质-DNA复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,再将DNA纯化,电泳鉴定即可得到待测蛋白是否与DNNA相结合。通常用于研究某转录因子是否与某基因的启动子区结合,以探讨基因表达调控规律,对于深入研究肿瘤及心血管等疾病的发病机制具有重要意义。此外,CHIP还可以用于研究组蛋白的共价修饰与基因表达的关系。
由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法,所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况。这个优势是EMSA这个体外研究核酸与蛋白相互结合的实验方法所不能比拟的。当用甲醛处理时,相互靠近的蛋白与蛋白,蛋白与核酸(DNA或RNA)之间会产生共价键。细胞内,当TF与Promoter相互结合(生物意义上的结合)时,它们必然靠的比较近,或者契合在一起,这个时候用甲醛处理,能使它们之间产生共价键。
ChIP的一般流程是:
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