微生物指标的常见检验项目如下:菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌、细菌总数、真菌总数、绿脓杆菌、溶血性链球菌、白色念珠菌、单增李斯特氏菌、副溶血性弧菌、乳酸菌、芽孢杆菌、双歧杆菌、地衣芽孢杆菌、铁细菌、硫酸盐还原菌、肉毒杆菌、光合细菌、放线菌、粪链球菌、嗜酸乳杆菌、嗜热链球菌、干酪乳杆菌、沼泽红假单胞菌等。
微生物指标还应包括病毒,如肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒,猪水泡病毒等;另外,从食品检验的角度考虑,寄生虫也被很多学者列为微生物检验的指标,如旋毛虫、囊尾蚴、猪肉孢子虫、蛔虫、肺吸虫、弓形体、螨、姜片吸虫、中华分枝睾吸虫等。此外,美国开展的食品微生物检验项目主要包括:需氧菌平板计数、粪大肠菌群、大肠埃希氏菌、凝固酶阳性葡萄球菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、创伤弧菌、肉毒梭菌、麻痹性贝类毒素、神经性贝类毒素、遗忘性贝类毒素以及组胺等。
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